Höggbylgjumeðferð getur haft ákveðnar aukaverkanir. Höggbylgjumeðferð notar venjulega sterkar loftbylgjur til að ná lækningalegum áhrifum. Meðan á meðferð stendur getur það leitt til nýrnaskemmda, afleiddra þvagrásarsteina og þvagrásar. Sumir sjúklingar geta einnig fundið fyrir staðbundnum vefroða, blæðingum undir húð, marbletti, verki og önnur einkenni. En langflest tilvika eru tímabundin og munu smám saman lagast eftir 1-2 daga meðferð. Mælt er með því að sjúklingar hafi ekki of miklar áhyggjur, fylgi fyrirmælum læknis, fái tímanlega meðferð og hafi stjórn á ástandi sínu.